முற்காலத்தில் ஆண்ட மன்னர்கள் தங்கள் நாட்டு மக்களை எதிரிநாட்டுப் படையினரிடமிருந்து காப்பாற்றவும் தங்கள் குடும்பத்தினர் வசிக்கவும் பாதுகாப்பு அரணாக சிறியதும் பெரியதுமாக பல வலிமையான கோட்டைகளைக் கட்டினார்கள்.  இவற்றில் பெரும்பாலான கோட்டைகளில் ஆபத்துக் காலங்களில் வெளியேற இரகசிய சுரங்கப்பாதைகளும் அமைக்கப்பட்டிருந்தன.

அந்த வகையில், வேலூர் கோட்டை கி.பி.16ம் நூற்றாண்டில் விஜயநகரப் பேரரசைச் சேர்ந்த பொம்மி ரெட்டி மற்றும் திம்மா ரெட்டி ஆகியோரால் கட்டப்பட்டது. சுமார் 133 ஏக்கர் பரப்பளவில் கருங்கற்களைக் கொண்டு இரட்டைச் சுவர் அமைப்பில் கட்டப்பட்ட இக்கோட்டையைச் சுற்றிலும் பாதுகாப்பு அரணாக அகழி அமைந்துள்ளது. இந்த அகழி 191 அடி அகலமும் 29 அடி ஆழமும் கொண்டது. கூடுதல் பாதுகாப்பிற்காக இக்கோட்டையில் ஒரே ஒரு நுழைவாயில் மட்டுமே அமைக்கப்பட்டுள்ளது.

வேலூர் கோட்டையினை நாயக்க மன்னர்களிடமிருந்து கி.பி.17ம் நூற்றாண்டின் மத்தியில் பீஜப்பூர் சுல்தான் (கி.பி.1656 முதல் கி.பி.1678 வரை) கைப்பற்றினார். பின்னர் மராட்டிய மன்னர்களுக்கும் (கி.பி.1678 முதல் கி.பி.1707 வரை) தொடர்ந்து நவாப்புகளுக்கும் கடைசியாக பிரிட்டிஷ் ஆட்சியாளர்களுக்குமாக கைமாறியது. பிரிட்டிஷார் கி.பி.1768ம் ஆண்டில் இக்கோட்டையை தங்கள் கட்டுப்பாட்டிற்குள் கொண்டு வந்தனர். இந்தியா 1947ம் ஆண்டில் விடுதலை பெறும் வரை இக்கோட்டை பிரிட்டிஷார் வசமிருந்தது. பிரிட்டிஷார் ஆட்சிக் காலத்தில் திப்பு சுல்தான் ஸ்ரீரங்கப்பட்டினத்தில் கொல்லப்பட்டார். பின்னர் அவருடைய குடும்பத்தினரை பிரிட்டிஷார் சிறைபிடித்து இக்கோட்டைக்குள் சிறை வைத்தனர். இலங்கையின் கண்டி அரசின் கடைசி மன்னரான ஸ்ரீவிக்ரம ராஜசின்ஹா ஆகியோரும் இக்கோட்டையில் பிணைக் கைதிகளாக இருந்தனர்.

பிரிட்டிஷ் அரசுக்கெதிரான முதல் கிளர்ச்சியாகக் கருதப்படும் சிப்பாய்க்கலகம் வேலூர் கோட்டையில் 10 ஜீலை 1806 அன்று நடைபெற்றது.

இந்தக் கோட்டைக்குள் திப்பு மஹால், ஹைதர் மஹால், பேகம் மஹால், கண்டி மஹால், ஜலகண்டேஸ்வரர் ஆலயம், தேவாலயம், மசூதி மற்றும் அரசு அருங்காட்சியகம் முதலானவை அமைந்துள்ளன. விஜயநகரப் பேரரசர்கள் ஆட்சியின்போது கோட்டைக்குள் ஜலகண்டேஸ்வரர் கோயில் கட்டப்பட்டது. மசூதி கி.பி.1750ல் ஆற்காடு நவாப் காலத்தில் கட்டப்பட்டது. பிரிட்டிஷ் ஆட்சியின்போது கோட்டைக்குள் பணியாற்றிய ஆங்கிலேய அதிகாரிகள் மற்றும் குடும்பத்தினர் பிரார்த்தனை செய்ய கி.பி.1846ம் ஆண்டில் புனித ஜான் தேவாலயம் கட்டப்பட்டது.

அரசு அருங்காட்சியகம் இக்கோட்டைக்குள் ஏப்ரல் திங்கள் 1999ம்  ஆண்டிலிருந்து இயங்கி வருகிறது. இந்த அருங்காட்சியகத்தில் நாணயங்கள், வாள்கள், தொல்பொருட்கள் முதலான பலவும் காட்சிப்படுத்தப்பட்டுள்ளன.

வேலூரின் பழைய பேருந்து நிலையத்திற்கு எதிரி்லேயே இந்தக் கோட்டை அமைந்துள்ளது குறிப்பிடத்தக்கது. இக்கோட்டையினை காலை 8 மணி முதல் மாலை 6 மணி வரை பொதுமக்கள் பார்வையிடலாம்.  கோட்டைக்குள் உள்ள அருங்காட்சியகத்தினை காலை 9 மணி முதல் 12.30 மணி வரையிலும் மதியம் 2 மணி முதல் மாலை 5 மணி வரையிலும் பார்வையிடலாம். இந்தக் கோட்டை இந்திய தொல்லியல் துறையினரால் பராமரிக்கப்பட்டு வருகிறது.