இந்திரன் பெற்ற சாபத்தை போக்க மகாவிஷ்ணு கூர்ம அவதாரம் எடுத்த தலமாக இலங்கையின் பொன்னாலை ஆலயம் திகழ்கிறது. இத்தலத்தில் பெருமாள் பொன் ஆமையாக அவதாரம் எடுத்ததால் பொன்னாமை என்பதே 'பொன்னாலை'யமாக மருவியதாக தெரிகிறது.
முன்காலத்தில் துர்வாசரால் இந்திரன் சாபம் பெற்று நீச்சத் தன்மையை அடைந்தான். முனிவரிடம் சாப விமோசனம் வேண்ட அவர், "சேது சமுத்திரத்தில் நடுவில் இருக்கும் இலங்கையில் பொன்னாலை எனுமிடத்தில் நீ மீனவ குலத்தில் பிறப்பாய். அப்போது பெருமாள் கூர்மாவதாரம் எடுப்பார். அக்கூர்மம் உன்வலையில் பிடிபடும். அந்த ஆமையின் உடலைத் தொட்டதும் உன் சாபம் நீங்கும்" என்று கூறினார்.
அதன்படி இத்தலத்தில் மீனவராக பிறந்த இந்திரன் ஒருநாள் ஆலயம் அமைந்துள்ள இடத்திற்கு அருகே உள்ள கடலில் வலை வீசியபோது அதில் பொன் ஆமை அகப்பட்டது.
மற்றவர்களின் உதவியோடு அதை அழைத்து வந்தான். அப்போது வானத்தில் பொன்னொளி வீசும் விமானம் காணப்பட்டது. அதே சமயத்தில் ஆமை கல்லாக மாறியதைக் கண்டு எல்லோரும் வியந்தார்கள். பின்பு அனைவர் மனதிலும் இந்த ஆமை லட்சுமி நாயகனான நாராயணனே என்றும், ஒளி வீசும் விமானம் அவருடையதே என்பதையும் உணர்ந்தனர். அந்த இடத்திலேயே ஒரு நல்ல நாளில் வைகானச ஆகமப்படி பிரதிஷ்டை செய்தனர். அவரை வரதராஜபெருமாள் என்ற பெயரில் வழிபட்டனர். பிறகு நித்திய பூஜையும் நடந்து வந்தது.
இந்த ஆலயம் குளக்கோட்டன் எனும் மன்னனால் பிரம்மாண்டமாக எழுப்பப்பட்டது. ஏழு பிராகாரங்களைக் கொண்டதாக இருந்தது. இப்பெரிய கோவிலை போராச்சுகீசியர்கள் அழித்தனர். ஆனாலும் பழைய அடையாளங்கள் இன்றும் உள்ளன.
ஆங்கிலேயர் ஆட்சி காலத்தில் புனரமைக்கப்பட்ட ஆலயங்களில் இந்த பொன்னாலை வரதராஜபெருமாள் கோவிலும் ஒன்று. யாழ்ப்பாணத்திலேயே உயர்ந்த கோபுரமாக இக்கோவிலின் 208 அடி உயரம் கொண்ட இராஜகோபுரம் திகழ்கிறது. ஆலயச் சுற்றில் நாகதம்பிரான், மகாலக்ஷ்மி, சனீஸ்வரன், நவக்கிரகங்கள் சன்னதிகள் உள்ளன. ஆலயத்தின் மூன்றாம் பிராகாரத்தில் நரசிங்க பைரவர் கோவில் உள்ளது.
கருவறையில் வரதராஜபெருமாள் சீதேவி பூதேவியுடன் காட்சி தருகிறார். இங்கு மகாலக்ஷ்மி கோவில் உள்ளது. இந்திரனால் கொண்டுவரப்பட்ட பூதேவி, சீதேவி, சமேத வரதராஜன் உத்சவ மூர்த்தயாக விளங்குகிறார். ஆலயத்தின் ஏழாவது வீதியில் சித்தி விநாயகர் ஆலயம் அமைந்துள்ளது. இவரை வணங்கிய பிறகே வரதராஜரை வணங்க வேண்டும் என்பது மரபாகும்.
ஆலய வரலாற்றுடன் தொடர்புடைய கல் ஆமை கருவறையில் வைத்து வணங்கப்பட்டு வருகிறது. இத்தலத்தில் தனிச்சிறப்பாக 41 அடி உயரத்தில் ஆறு சக்கரங்கள் கொண்ட பிரம்மாண்ட திருத்தேர் அமைந்துள்ளது. இதில் தசாவதார காட்சிகள் சிற்பங்களாக உள்ளன.
கிருஷ்ண ஜெயந்தி மற்றும் வைகுண்ட ஏகாதசி உத்சவங்கள் நடைபெறுகின்றன. காஞ்சி வரதராஜ பெருமாள் ஆலயத்திலிருந்து இலங்கை வந்த பரம்பரையினர் இங்கு பூஜைகளை நடத்தி வருகிறார்கள். கடலில் ராமர் பாதம் வைத்த இடமான 'திருவடி நிலை' எனும் மண்டபத்தில் தை அமாவாசை மற்றும் மாசி மாதத்தில் தீர்த்தவாரி உத்சவம் நடைபெறுகிறது.