மதுரை மாநகர் மற்றும் அதனைச் சுற்றியுள்ள சிவாலயங்கள் அனைத்தும் சிவபெருமானின் திருவிளையாடல்களால் உருவானதாகக் கூறப்படுகிறது. அப்படி ஈசனால் நடைபெற்ற ஒரு திருவிளையாடலின்போது திருஞானசம்பந்தரால் கண்டடையப்பட்ட திருக்கோயில்தான் மதுரையை அடுத்த கீழமாத்தூரில் அமைந்துள்ள ஸ்ரீ உமாமகேஸ்வரி உடனாய அருள்மிகு மணிகண்டீஸ்வரர் திருக்கோயில். சம்பந்தப் பெருமானால் பாடல் பெற்ற சிறப்புடையது இந்த ஆலயம்.

இசைக்கலைக்கு முக்கியத்துவம்மிக்க இந்தக் கோயில், இசைக்கலைஞர்களும், மகம் நட்சத்திரக்காரர்களும் வழிபட உகந்த ஆலயமாகத் திகழ்கிறது. இந்தக் கோயிலில் ஒலிக்கும் மணியோசையை கேட்ட பிறகு, குருவிடம் இசையை கற்கத் தொடங்கினால், இசைத் துறையில் மிகப்பெரிய வளர்ச்சியை எட்டலாம் என்பது பக்தர்களின் நம்பிக்கை. அதேபோல், மகம் நட்சத்திரக்காரர்கள் இத்தல இறைவனையும், இறைவியையும் வழிபட, வாழ்வில் பல ஏற்றங்களைக் காணலாம் என்பது ஐதீகம். இந்த ஆலயத்தில் வீற்றிருக்கும் தட்சிணாமூர்த்தி, 'யோக தட்சிணாமூர்த்தி'யாக அருள்பாலிக்கிறார். மதுரை ஸ்ரீ மீனாட்சி அம்மன் ஆலய சித்திரைத் திருவிழாவின் 6ம் நாளில், ஸ்ரீ மணிகண்டீஸ்வரர் கோயிலின் சிறப்புகள் குறித்து கதையாகச் சொல்லும் நிகழ்வு நடத்தப்படுவது விசேஷம்.

சமணர்களுக்கும் திருஞானசம்பந்தருக்கும் இடையே புனல்வாதம் நடைபெற்றபோது, திருஞானசம்பந்தர் விட்ட ஏடுகள் வைகை ஆற்றில் எதிர்திசையில் பயணப்பட்டன. அப்போது ஓரிடத்தில் பல்லாயிரக்கணக்கான மணிகள் ஒலிக்கும் பலமான ஓசை கேட்டது. அந்த ஒலியைக் கேட்டு சம்பந்தரும், அப்பகுதியை ஆண்ட மன்னரும் குறிப்பிட்ட அந்த இடத்துக்குச் சென்றனர். அங்கு பூமியைத் தோண்டியபோது ஒரு சிவலிங்கம் வெளிப்பட்டது. அந்த சிவலிங்கம் அமைந்தத் தலமே,
ஸ்ரீ மணிகண்டீஸ்வரர் திருக்கோயில் ஆகும்.

மணியோசை வெளிப்பட்ட இடத்தை முதலில் தோண்டியபோது, அங்கு மணல் வானுக்கும், பூமிக்கும் பறந்துள்ளது. இரண்டாம் முறை தோண்டியபோது, தண்ணீர் வெள்ளமாக ஊற்றெடுத்துள்ளது. மூன்றாம் முறை தோண்டியபோது சிவலிங்கத்தின் மீது மண்வெட்டி பட்டு ரத்தம் வெளிப்பட்டதாக தல வரலாறு கூறுகிறது. பூமிக்குள் புதைந்திருந்த சிவலிங்கத்தை வெளியே எடுக்க முயன்றபோது அது முடியாமல் போக, ஈசனின் திருவுளப்படியே அதே இடத்தில் இந்த ஆலயத்தை எழுப்பினான் மன்னன்.

பொதுவாக, சிவத்தலங்களில் லிங்கோத்பவருக்கு தனிச்சன்னிதிகள் இருப்பதில்லை. ஆனால், இங்கு லிங்கோத்பவர் சிறிய சன்னிதி ஒன்றில் வீற்றிருக்கிறார். லிங்கோத்பவரின் தலைப்பகுதியில் அன்னமும், கால் பகுதியில் வராகமும் இடம்பெற்றிருக்கும். இந்த ஆலயத்திலும் அதேபோன்ற அமைப்புடன் இருந்தாலும், லிங்கோத்பவரின் வலதுபுறம் பிரம்மாவும், இடதுபுறம் மகாவிஷ்ணுவும் வீற்றிருப்பது கூடுதல் சிறப்பு.

இந்த ஆலயத்தில் ஸ்ரீதேவி- பூதேவி சமேத ஸ்ரீ சுந்தரமாணிக்கப் பெருமாள், நவக்கிரகங்கள், பைரவர், கருடன், அனுமன், பிரம்மா, லிங்கோத்பவர், காசி விசாலாட்சி, தட்சிணாமூர்த்தி ஆகியோருக்கும் தனிச்சன்னிதிகள் உள்ளன. சூரியன் மற்றும் சந்திரன் ஆகிய இருவரும் இத்தல இறைவனை வழிபட்டு பேறு பெற்று இருக்கின்றனர். எனவே, அவர்களுக்கும் இந்தக் கோயிலில் சன்னிதிகள் உண்டு.

அமைவிடம்: மதுரையில் இருந்து 12 கி.மீ. தொலைவில், மேலக்கால் சாலையில் உள்ள கீழமாத்தூர் என்ற இடத்தில் வைகை நதிக்கு அருகில் சாலையோரம் இந்த ஆலயம் அமைந்துள்ளது.