கன்னியாகுமரி மாவட்டத்தில் பகவதி அம்மன் கோயிலுக்கு அடுத்து, புகழ்பெற்றக் கோயிலாக, நாகர்கோவில் புறநகர்ப் பகுதியில் அமைந்திருக்கும் நாகராஜா கோயில் இருக்கிறது. கேரளக் கட்டுமானக் கலையில் அமைந்திருக்கும் இந்தக் கோயிலின் கருவறையில் ஐந்துதலை நாகராஜர் இருந்து அருள் புரிகிறார்.
முந்தையக் காலத்தில் இங்கிருந்த நெல் வயல்களில் நெல்லறுத்துக் கொண்டிருந்த பெண், ஒரு நெற்கதிரை அறுக்கும் போது, அதிலிருந்து இரத்தம் வந்திருக்கிறது. அதனைக் கண்ட அந்தப்பெண் அச்சத்துடன் அங்கிருந்தவர்களை அழைத்திருக்கிறார். அவர்கள் அவ்விடத்திற்கு வந்து பார்த்த போது, அங்கேப் பாறையின் மேல் ஐந்து தலை நாகராஜர் சிலை இருந்திருக்கிறது. அந்தச் சிலையின் மேற்பகுதியிலிருந்து இரத்தம் வழிந்து கொண்டிருந்திருக்கிறது. அதனைத் தொடர்ந்து, அந்தச் சிலைக்குப் பாலாபிசேகம் செய்திருக்கின்றனர். அதன் பின்பு, அச்சிலையிலிருந்து வடிந்த இரத்தம் நின்று போயிருக்கிறது. அதன்பிறகு, அந்த இடத்தில் ஓலைக் குடிசை வேய்ந்து நாகராஜரை வழிபட்டு வந்திருக்கின்றனர்.
இந்நிலையில், சரும நோயால் பாதிக்கப்பட்ட களக்காடு பகுதியை ஆண்ட மார்த்தாண்ட வர்மா, அந்த நாகராஜா கோயிலுக்கு வந்து பாலாபிசேகம் செய்து வழிபட நோய் நீங்கியிருக்கிறது. அதனைத் தொடர்ந்து, அவர் அவ்விடத்தில் கோயிலைக் கட்டுவித்திருக்கிறார். கருவறைப் பகுதி நாகங்கள் வசிப்பதற்கேற்றதாக ஓலைக்கூரையாகவே அமைக்கப்பட்டது. ஒவ்வொரு ஆண்டும் ஆடி மாதத்தில் அக்கோயிலின் அர்ச்சகர்களே, அந்த ஓலைக் கூரையினைப் பிரித்துப் புதிய கூரையினை வேய்ந்து வருகின்றனர் என்று இந்தக் கோயிலின் தல வரலாற்றைச் சொல்கின்றனர்.
இக்கோயிலின் கருவறை அமைந்திருக்கும் பகுதி மணல் திட்டாகவே இருக்கிறது. இவ்விடம் வயல் இருந்த இடம் என்பதால் இங்கு நீர் ஊறிக் கொண்டிருக்கிறது. இந்த நீருடன் சேர்ந்த மணலே பக்தர்களுக்கு பிரசாதமாக வழங்கப்பட்டு வருகிறது. இந்த மணல் ஆடி மாதம் தொடங்கி மார்கழி மாதம் வரையில் கருப்பு நிறத்திலும், தை மாதம் முதல் ஆனி மாதம் வரையில் வெள்ளை நிறத்திலும் இருக்கும் என்பது இக்கோயிலின் சிறப்பாகச் சொல்லப்படுகிறது.
நாகராஜர் கோயில் கிழக்குப் பார்த்த நிலையில் இருந்தாலும், இக்கோயிலுக்கான முக்கிய நுழைவாயில் தெற்கு நோக்கியே உள்ளது. இந்த வாசலை மகாமேரு மாளிகை என்று அழைக்கின்றனர். தெற்கு நோக்கிய இவ்வாசல் மேற்பகுதியில் மூன்று கும்பங்களைக் கொண்டிருக்கிறது. இவ்வாயிலின் கதவுகள் மரத்தால் செய்யப்பட்டவையாக இருக்கின்றன. இவ்வாயில் அரண்மனை முகப்பு போன்ற தோற்றத்தைக் கொண்டிருக்கிறது. இதன் மேற்கூரை ஓடுகளால் வேயப்பட்டிருக்கிறது. இவ்வாயிலின் இரு பக்கமும் அறைகள் காணப்படுகின்றன. மேற்குப் புறமுள்ள அறை மாளிகை போன்ற அமைப்புடையது. இது தேக்கினால் ஆன மலபார் கட்டிடக்கலை அமைப்பைக் கொண்டிருக்கிறது.
18 ஆம் நூற்றாண்டில் வேணாட்டு அரசர் அனுஷம் திருநாள் மார்த்தாண்ட வர்மா பட்டத்திற்கு வருவதற்கு முன்பு பப்புத்தம்பி உள்ளிட்ட அரசரின் பகைவர்கள் அவரைக் கொல்ல முயற்சித்தனர். 1733 ஆம் ஆண்டில் மகாமேரு மாளிகையில், தெற்கு வாயிலின் மேற்குப்புறம் இருக்கும் அறையில் இளவரசர் மார்த்தாண்ட வர்மா உறங்கிக் கொண்டிருந்த நேரத்தில், அவரது எதிரியான பப்புத்தம்பி மாடிக்கு ஏறிச் சென்று அரசரை வாளால் வெட்ட முயன்றிருக்கிறார். அப்போது, கோயில் நந்தவனத்தில் உள்ள பாம்பு ஒன்று அந்த நேரத்தில் அங்கு வந்ததால், வாள் குறி தவறி உத்திரத்தில் பட்டிருக்கிறது.
அதனால் ஏற்பட்ட சப்தத்தைக் கேட்டு விழித்த மார்த்தாண்ட வர்மா தன்னைக் கொல்ல வந்த எதிரியை மடக்கிப் பிடித்துக் கொன்றார். இந்த வாயிலில் கொலை நடந்ததால், மன்னர் பரம்பரையினர் இந்த வாயில் வழியாக கோயிலுக்குச் செல்வதில்லை எனச் சொல்கின்றனர்.
ஆவணி மாதத்தில் இக்கோயிலுக்கு வரும் பக்தர்கள் பால், உப்பு, மிளகு, மரப்பொம்மைகளைக் காணிக்கையாகச் செலுத்துகின்றனர். ஆவணி மாத ஞாயிற்றுக்கிழமைகளில் மாலை 4.30 மணி முதல் 6.00 மணி வரையிலான இராகு காலத்தில் கோயிலின் முன்பகுதியில் அரச மரங்களின் கீழ் அமைக்கப்பெற்றுள்ள நாகர் சிலைகளுக்கு பக்தர்கள் தங்கள் கைகளாலேயே மஞ்சள், பால் அபிசேகம் செய்ய அனுமதிக்கப்படுகிறது.