ஒரு சமயம் இரண்யாட்சன் என்ற அசுரன் பூலோகத்தை கடலுக்குள் தனது வலிமையால் மூழ்கடித்தான். இதனால் தேவர்கள் மிகவும் பயந்து நடுங்க, மகாவிஷ்ணு வராக அவதாரம் எடுத்தார். கடலுக்குள் சென்ற வராக பகவான் ஏழு தீவுகள் கொண்ட பூலோகத்திற்கு எந்த சிறு இடரும் ஏற்படா வண்ணம் தூக்கியபடி நீரிலிருந்து வெளிப்பட்டார்.

இதைக் கண்ட இரண்யாட்சன் கோபம் கொண்டு வராக மூர்த்தியை தாக்க இருவருக்கும் கடுமையான யுத்தம் நடந்தது. இறுதியில் அசுரனை வீழ்த்தி பூமியை காத்தருளினார் மகாவிஷ்ணு. பிரம்மாவும் தேவர்களும் வராக மூர்த்தியை போற்றி துதித்தனர். மீண்டும் வைகுண்டம் திரும்பிச் செல்ல வராகர் எண்ணியபோது பூதேவி தன்னுடன் தங்கி இருக்கும்படி பகவானை வேண்டிக் கொண்டதாக நாரதர் புராணம் கூறுகிறது. பூமி தேவியின் வேண்டுகோளை ஏற்று ஸ்ரீமுஷ்ணம் திருத்தலத்திலேயே பகவான் கோயில் கொண்டதாக ஐதீகம் .

ஸ்ரீமுஷ்ணம் திருக்கோயில் கருவறையில் வீற்றிருக்கும் மூலவரை தரிசிக்கும் முன்பாக தனி சன்னிதியில் அமைந்தருளும் சீனிவாச பெருமாளை தரிசனம் செய்ய வேண்டும். பூவராக சுவாமி மூலவராக நின்ற கோலத்தில் காட்சி அளிக்கிறார். தம் இடுப்பில் இருக்கும் சங்கு, சக்கரத்தை தனது இரு திருக்கரங்களால்  மறைத்த வண்ணம் திருமேனி மேற்கு திசை நோக்கியும் திருமுகம் தெற்கு திசை நோக்கியும் அமையப்பெற்று காட்சி தருகிறார். உத்ஸவ மூர்த்தி, ‘யக்ஞ வராகர்’ என்ற திருநாமத்துடன் ஸ்ரீதேவி பூதேவி சமேதராக அருள்பாலிக்கிறார். தாயாருக்கு அம்புஜவல்லி என்பது திருநாமம்.

பல வருடங்களுக்கு முன்பு ஆதி நவாப் என்பவர் ஒரு ஊரை ஆண்டு வந்தார். ஒரு சமயம் அவர் தீராத வியாதி கண்டு மிகவும் துன்புற்றதாகவும் அவரை கவனித்து வந்த வைத்தியர்கள் கைவிட்ட சமயத்தில் அவ்வூர் வழியாக சென்றார் மத்வ மதத்தைச் சார்ந்த யாத்ரீகர் ஒருவர் ஸ்ரீமுஷ்ணத்திற்கு சென்று சுவாமியின் தீர்த்தம் துளசி பிரசாதத்துடன் திரும்பிக் கொண்டிருந்தார்.

அவருக்கு நவாப் பற்றி தெரிய வரவே, சுவாமி தீர்த்தத்தையும் துளசி பிரசாதத்தையும் கொடுக்க, நவாப் பூரண குணமடைந்தாராம். அது முதல் நவாப் பூவராக பெருமாள் மீது பக்தி கொண்டு அவருக்கு தொண்டு புரிய விரும்பி கிழக்கு சமுத்திரம் என்ற இடத்திற்கு சுவாமி எழுந்தருளும்போது வழியில் எழுந்தருளியிருப்பதற்கு கிள்ளை தோப்பு என்ற இடத்தில் ஒரு மண்டபத்தை நிர்மாணம் செய்து அங்கு உத்ஸவம் சிறப்பாக நடைபெற ஏராளமான நிலபுலங்களை எழுதி வைத்தார்.

இன்றும் ஸ்ரீமுஷ்ணம் தலத்தில் மாசி மாதத்தில் நடைபெறும் பிரம்மோத்ஸவத்தில் பூவராக சுவாமி தீர்த்தவாரிக்கு கிழக்கு சமுத்திரத்திற்கு எழுந்தருளும்போது முகமதியர்கள் வசிக்கும் தைக்கால் கிராமத்தின் உள்ளே நுழைந்து வீதியில் ஊர்வலமாக வருவது வழக்கம். அப்பொழுது கிராமவாசிகள் சீர்வரிசைகளுடன் சுவாமியை நிறுத்தி மாலை அணிவித்து சர்க்கரை, பழம் நெய்வேத்தியம் கொடுத்து கற்பூர தீபாராதனை செய்விக்கின்றனர். பிறகு சுவாமி கோயில்  சிப்பந்திகள் கற்பூர ஆரத்தியை மசூதிக்குள் எடுத்துச் சென்று வலம் வருகிறார்கள்.

திருமாலின் பத்து அவதாரத்தில் வராக அவதாரம் சிறப்பு மிக்கது. இவரே பூவராக மூர்த்தியாகக் காட்சி தருகிறார். ஸ்ரீ பூவராகர் தனது ஒரு விழி பார்வையால் அரச மரத்தையும் மறுவிழி பார்வையால் துளசி செடியையும் உருவாக்கினர். அவர் உருவாக்கிய அரசமரம் இந்த ஆலயத்தின் பின்புறம் உள்ள நித்திய புஷ்கரணி திருக்குளத்தின் தென்கரையில் உள்ளது. இதுவே இக்கோயில் தல விருட்சமாக உள்ளது. அங்கே பிரகன்நாயகி சமேத நித்தீஸ்வரர் வீற்றிருக்கும் பழங்கால சிவாலயம் ஒன்று உள்ளது . பிள்ளைப்பேறு வேண்டுவோர் நித்ய புஷ்கரணியில் நீராடி, அரச மரத்தை சுற்றி வந்து பூவராகரை உள்ளன்புடன் உருகி வழிபட வேண்டும். பின்னர் ஆலயத்தில் சந்தான கிருஷ்ணமூர்த்தத்தை கைகளில் வாங்கி மடியில் வைத்து வணங்கினால் மழலை பாக்கியம் நிச்சயம் கிட்டும் என்பது பக்தர்களின் நம்பிக்கையாகும்.

ஸ்ரீமுஷ்ணம் அருள்மிகு ஸ்ரீ பூவராக சுவாமி கோயில் சிறப்பு பிரசாதம் முஸ்தா சூரணம் என்கிற கோரைக்கிழங்கு பிரசாதம் ஆகும். ஸ்ரீமுஷ்ணம் பூவராக பெருமாள் பன்றி அவதாரம் எடுத்துள்ளார். இதன் காரணமாக அவரது அவதாரத்திற்கு கோரைக்கிழங்கு மிகவும் பிடித்தமான உணவு என்பதால் கோரைக்கிழங்கு பிரசாதம் இக்கோயிலில் வழங்கப்படுகிறது.